《庭院深深》讲述的是一个美国归来的博士方丝萦，为了一个她为之心动的小女孩，留在一个偏僻的地方，当了一个小学的老师。这个美丽聪明的女孩叫柏亭亭，她有一个瞎了眼的父亲，有一个美丽但凶恶的继母。小女孩为了不让瞎了眼的父亲操心，忍受着继母的一切。渐渐知道了小女孩的一切，知道她成绩不好，爱说谎，方丝萦决定要帮助她。方丝萦主动要求给女孩补课，柏亭亭的父亲柏霈文知道后，执意要方丝萦搬到他家里来住，做亭亭的家庭教师。
方丝萦到了柏家，才知道柏霈文给自己准备了一个特别的房间，方丝萦震动了。柏霈文问她是否满意这样一个房间，方丝萦只能说他不必如此。几天后，柏霈文的妻子回到了家，她不理解这个不受理人的丈夫为何如此地宠爱一个家庭教师，而且打破了他自己定下的规矩，把家里插满了玫瑰花。她刁难方丝萦，希望她能离开，但方丝萦在柏霈文的哀求下，留了下来。
几天后，柏霈文打电报请来了以前的一个朋友高立德。真
...(阅读全文)相终于大白了，原来，方丝萦就是柏霈文深爱着的、以为死去了的前妻章含烟。
章含烟原是一个美丽善良又坚强的女孩，为了逃避叔叔的逼婚，为了还叔叔养育她的债，她无奈之下到舞厅做了舞女。可有一天，她被蓄意灌酒，最后失了身，这个打击，使得她觉醒了，她不能继续这样生活下去，她到茶场作了一名采茶工人。
可酷热的天气却使得体质不好的含烟昏倒了，恰巧柏霈文发现了她。柏霈文被她的美丽迷住了，他让章含烟在办公室当秘书。随着时间的推移，他们彼此爱上了对方，含烟告诉柏霈文自己的身世，可柏霈文爱着含烟，他不顾母亲的反对，仍然和含烟公证结婚，以此逼母亲让步。
母亲表面上是让了步，可霈文不在时，她就百般折磨含烟，让同情含烟的霈文好友高立德难堪，并让自己的儿子误会高立德和含烟关系不正常。含烟生下一个女孩，这个孩子并没取得柏老太太的好感，也没让心中有阴影的霈文提起兴趣，满腔怒火的霈文找高立德争吵，含烟在霈文也不相信自己的情况下，留下了一本手记，在一个风雨之夜，投河自杀了。
投河自杀的章含烟并没有死，她遇到了一个正准备出国的同学，结果含烟被说服，也办了出国手续，含烟并将手上的结婚戒指，作了出国的路费。含烟在美国读了几年的书，又教了几年的书，在美国也有了谈及婚嫁的朋友，可是她一直不放心，她一心挂念着自己的女儿。看到女儿的这种情况，使她不忍离去。
而柏霈文呢，自从他看了含烟留下的手记后，知道了含烟所受的委屈，他痛恨自己，他和母亲不再说话，常常抱着含烟留下的手记，独自流泪，一次不小心，他睡着了，蜡烛烧着了窗帘，引起了大火，烧毁了含烟山庄，霈文救了人后，又冲进了火海去拿含烟留下的手记，结果被砸瞎了眼睛。
几年后，在母亲的说服下，为了小亭亭有人照顾，柏霈文娶了爱慕他的欧艾琳。艾琳一心一意地爱着霈文，可霈文不能忘掉含烟，致使艾琳将一腔怨气全都发泄到亭亭的身上。
方丝萦的身份被揭穿了，她想走，可女儿始终牵动着她的心，为了女儿，她不忍离去。艾琳回来后，发现家中的不寻常的气氛，在含烟的保证下，她也改变了策略，变得对霈文温柔多了，可霈文不为所动，他被含烟还活着而震动了，他要重建含烟山庄。
含烟承诺对艾琳的保证，她提出自己要走，这个打击对依然处于惊喜状态下的柏霈文显然太大了，他跑到含烟山庄的废墟中淋雨，结果生病了。含烟无法就此离开，她留了下来，她向病中的霈文保证永不分开，可想起艾琳，含烟就不知该怎么办才好，这时，艾琳却给含烟写了一封长信，表示与霈文离婚，成全他们。此后，他们终于过上了幸福的生活。 (隐藏显示)